常聽到不少圈內朋友感嘆，像孫慰祖一樣能幾十年靜下心來低調勤奮地做學問又做藝術，而且又都做得那樣出色的人，太少了。我也常常在想，一面是嚴肅的敬畏之心和幾近悲壯的義無反顧，一面是熔鑄一爐和奇思妙想的創作心潮，這兩種生活狀態的轉換對他來說是輕鬆還是艱難？學術滋養了他藝術生命的色彩，豐厚的學養又為他的刀筆提供了不竭的活水源泉。學者和藝術家兩種身份以最為和諧的形象凝聚於孫慰祖一身，因而被文化圈內的朋友戲稱為「兩棲動物」。

他的研究視野幾乎跨越先秦古璽到近現代篆刻的三千年，不僅有考古學層面的嚴謹探索，以印證史，發掘其社會文化意義，而且以敏銳的感受力探析不同時期的印章藝術風格，梳理出印章篆刻發展脈絡。他的許多成果填補印學空白，化作當代學人開展印章研究的基礎資料，並成為印人摹古仿舊的重要參考。近卅年來，孫慰祖出版了《兩漢官印匯考》、《孫慰祖論印文稿》、《中國古代封泥》、《封泥：發現與研究》、《可齋論印新稿》、《可齋論印三集》、《歷代璽印斷代標準品圖鑑》、《中國印章──歷史與藝術》、《隋唐官印研究》（合作）等一系列學術著作，亦完成了《古封泥集成》、《中國篆刻全集•漢代卷》、《鄧石如篆刻》、《唐宋元私印押記集存》、《陳鴻壽篆刻》等填補空白意義的研究資料匯輯。他在封泥、兩漢和西晉官印、唐宋元官私印的鑑別斷代、明清流派印家個案等多個領域深入開掘，以獨創性為新時期篆刻學術留下濃墨重彩的一筆，形成了具有廣泛影響力的學術體系。

在孫慰祖看來，印學研究並非空對空的推演，而是有著強烈的現實屬性，結合考古實物與文獻解決實際的問題。孫慰祖曾利用殘缺的封泥，將其復原為「利狶」，結合《史記》、《漢書》等記載，確認馬王堆三號墓主人的身分，一舉解決了困擾人們近卅年的懸疑。印章尤其是古璽印的文化內涵和史料意義超出印章本體，涉及古文字、官制、地理、民族關係、經濟制度等範圍。