吳門畫派是中國繪畫史上第一個真正意義的，也是歷史上譜系最為龐雜、勢力最為強大、影響最為深遠的地方畫派。延續時間甚長，自成化至清初，綿延二百餘載。錢謙益云：「吳門前輩……遺風餘緒，至今仍在人間，未可謂五世而斬也」，如此延續不絕的畫派畫風在中國繪畫史上實屬僅有。「吳門後學」這一概念主要是指以沈周、文徵明畫風為皈依的吳門第二代及再傳弟子群體，其活動下限訖至明祚之覆。
在這個龐大的嫡傳譜系中，得沈、文親炙的第二代弟子大約活動於隆慶後期至萬曆後期，下限可定於一五九○年前後，以花鳥為擅長並有自家面貌者約計十餘人，因距沈、文活動年代不遠，故能得其真傳，且在共同的文人圈中相互酬和，共同將吳門畫派推向全面繁盛；而再傳弟子數量更為龐大，或通過師法第二代弟子，或間接追溯沈、文，將吳門畫風擴散開來，其影響甚至遍及整個江南地區。但從萬曆後期到崇禎年間，由於老一輩文士的逐漸凋零，先賢開啟的吳門風範漸趨式微。
沈周對吳門花鳥具有開宗立派的地位，誠如王世貞《弇州山人續稿》所言：「畫家寫生，右徐熙、易元吉。而小左黃氏父子，政在天真人巧間耳。宣和主稍能斟酌之。明興，獨吾沈啟南入熙室……陳復甫出，以意為之，高者幾無色」；明人汪砢玉也說：「（吳派的花卉寫生）沈周開其端，道復與叔平為拔萃二家」，方薰更是將沈周、陳淳、徐渭三人列為有明一代花鳥畫的大家。沈周的花鳥畫風不僅開創了吳郡花草最初和最具活力的面貌，並直接影響文徵明，奠定了吳門畫派的學術根基。他更將徐熙野逸畫風演變為文人寫意花鳥畫傳統中一個承前啟後的轉折性人物，具有跨越吳門這一地域性審美趣味的畫史意義。
文徵明的花鳥畫則達到承上啟下的推進作用，他的審美趣味和風格樣式作為準則，對後學產生一定的的影響。正是由於沈、文兩位宗師自身畫風的多樣性及其影響程度的差異，致使吳門後學的花鳥畫風也呈現出較為複雜而豐富的形態，無論是粗簡意筆，還是工細設色，俱能保持相對純粹的文人逸氣。之後，隨著晚明文人愈趨精緻化的生活方式和審美趣味，此後吳門後學的花鳥畫的總體趨勢也隨之改變。
沈周的弟子（包括私淑弟子）雖然眾多，但直接受其影響並在形態和趣味上較為接近的並不多。吳門後學直接師承沈周風格而臻於大成者，鮮有其人，直接受業於沈周，且在花鳥畫上略有所成者僅有孫艾、吳麒數人而已。
孫艾（1452〜1533），字世節，號西川，常熟人。孫氏晚沈周廿五歲，從現存文獻來推斷，他追隨沈周的時間遠遠早於文徵明，應較早就與沈周、吳寬等吳中文人相互往來，且拜於沈周門下學習詩文繪畫。據錢謙益《牧齋初學集》卷五十六〈誥封中大夫廣東按察司按察使孫君墓誌銘〉云：「弘、正間，西川先生諱艾，攻詩任俠，為沈啟南高足弟子」。孫氏山水作品僅見於文獻記載，無一流傳至今。另，孫艾能作人物肖像畫，弘治三年（1490）初夏，卅九歲的孫艾特意為六十四歲的沈周繪製了一幅肖像，沈周應請題詩，惜乎此圖也已散佚不存。孫氏作品散佚嚴重，流傳至今且可靠的作品僅〈蠶桑圖〉和〈木棉圖〉數件而已。〈蠶桑圖〉和〈木棉圖〉兩畫雖均無作者款印，但後者左下方有沈周弘治元年（1488）題詩及跋，據跋可知，孫艾作此畫時還未到卅七歲，卻已能將前代花鳥名家錢選那種「天機流動」的特長融貫於自己的筆端，以致讓沈周亦刮目相看。
吳麒，生卒年不詳，一名天麒，字瑞卿，也善花鳥寫真。沈周詩集中曾載其於弘治九年（1496）陪同沈氏至妙智庵觀賞牡丹，並作有水墨折枝牡丹畫，沈周題詩云：「瑞卿能染折枝如活，興發復造」、「吳生又與花傳神，紙上生涯春不老」，表明吳麒曾不止一次畫牡丹，且能畫出生意，有較高的寫真能力，惜未睹其傳世作品。另沈氏弟子謝時臣（1487〜1567後）雖以擅山水而名於世，也偶作花鳥，存世有〈青松白雲圖〉，繪雙松虯結，與沈周粗筆水墨所作的〈參天特秀圖〉、〈雙松圖〉及〈松石圖〉的近景特寫構圖頗為相似，但松腳以謹細的筆調描繪靈芝、蘭草，加之以過多的細筆點苔和背景渲染，反而使全畫氣格流於俚俗，而其筆墨縱肆處又近於浙派習氣。